肛瘘的保守治疗可使用肛周用药，包括坐浴、栓剂、膏剂暂缓症状，消除肛周的炎症，但根治还需手术治疗。低位单纯性肛瘘可在术中找到肛隐窝，剔除瘘管即可；而高位复杂性肛瘘需挂线治疗，以保护肛门括约肌功能，预防术后造成大便失禁。肛瘘术后需住院，使用预防性抗生素及每天换药处理伤口，可正常排便，建议高纤维饮食预防大便干结。