矮小症存在几种类型，如甲状腺功能低下，尤其是先天性甲状腺功能低下导致的矮小症，患病儿童智力明显落后。少见于遗传代谢疾病，某些物质代谢途径存在问题，导致各个脏器受累，包括脑受累，会影响智力发育。大部分矮小症不会引起智力方面的问题，智力发育水平与正常儿童一样。

若儿童存在智力水平问题，学习成绩总是倒数，伴有神经系统表现，如抽搐、癫痫等，需要检查儿童的中枢神经系统及甲状腺激素水平，寻找智力低下的原因，进行较好的治疗。