胚胎停育通常发生在早孕期，即怀孕前12周，在晚孕期与中孕期也有出现胚胎停育的可能性，但比例较早孕期偏低。早孕期尤其在胎盘形成的10-12周前，属于发生胚胎停育较多的时期。

导致胚胎停育常见原因包括染色体异常、内分泌异常、免疫异常，还有感染因素及生殖道的畸形等因素，但对于所有因素多数引起胚胎停育的时间均在早孕期。当女性怀孕10-12周胎盘形成后，整个妊娠相对会比较稳定，雌激素与孕激素的主要生成器官由黄体变为胎盘。因此，当胎盘形成后怀孕会相对更加稳定，出现停育的风险也会更小。