对于后尿道的感染，通常是以抗生素治疗为主，还可以遵医嘱服用对症治疗药物
1、抗生素治疗：可以根据病原微生物的检测结果进行选择，同时结合药敏试验选择合理的抗生素，目前在临床上常用的药物包括磷霉素氨丁三醇、匹美西林、呋喃妥因、喹诺酮类，以及第二代和第三代头孢菌素。对于后尿道感染，也就是男性的尿道感染，通常以喹诺酮类应用更为多见。如果不能除外支原体和衣原体感染，应当加用多西环素或阿奇霉素；
2、对症治疗药物：后尿道感染应当及时处理，如果不处理，可能会引起男性生殖系统的感染，使治疗复杂化。除抗生素的应用以外，还可以应用改善症状的药物，如果后尿道感染引起生殖系统感染，导致排尿困难，可以加用α受体阻滞剂等药物改善症状。如果有明显的排尿刺激症状，可以应用黄酮哌酯类或M受体阻滞剂进行对症处理；
3、一般治疗：在生活上要求患者多饮水、注意休息、避免劳累、暂停性生活，如果考虑存在性传播问题，要求性伴侣同时进行检查和治疗，要求患者要处理好自己的随身衣物、被褥等。
