囊肿是良性疾病，手术指征的把握较为弹性。医学上一般以5cm为界，<5cm的囊肿多数不需要处理，>5cm的囊肿可考虑手术治疗，但并不是必须做手术，多数情况下，肾脏囊肿向肾外突出，对肾脏本身的结构和功能无太大影响。

对于年轻患者，如囊肿逐年增长，且生长速度较快，这时可考虑进行手术治疗，而对于年老患者或肿瘤发展缓慢的情况，一般不考虑手术。除大小外，还要关注囊肿位置，如果其可能压迫肾盂造成肾脏积水，则需积极处理。同时如果怀疑恶性囊肿，也需积极处理。