胆肠吻合术后常见并发症有出血、胆瘘、吻合位置再次梗阻等。远期可出现胆道内结石复发，出现逆行感染而形成胆道感染，患者反复发烧，甚至胆管炎、黄疸等。肠管手术可出现不全性肠梗阻或完全性肠梗阻，内疝等表现。还可出现消化功能改变，如食用较油腻食物后出现脂肪泻，大便次数增加，腹部不适，甚至有不确定的腹痛等表现。