淋菌性尿道炎和非淋菌性尿道炎的区别在于：

1、病原体不同：淋菌性尿道炎是淋球菌感染引起，非淋菌性尿道炎是衣原体、支原体感染引起；

2、临床表现不同：淋菌性尿道炎症状较重，尿频、尿急、尿痛比较强烈，尿道口较潮红，脓液较多，黄而黏稠。非淋菌性尿道炎症状较轻，尿频、尿急、尿痛轻微，尿道口微红，脓液稀薄，甚至无症状；

3、治疗用药不同：淋菌性尿道炎采用三代类头孢药物治疗，非淋菌性尿道炎采用四环素类药物治疗。