鼻中隔微创手术术后有轻微疼痛，相较传统的鼻中隔偏曲矫正疼痛稍轻微。鼻中隔微创手术疼痛较轻的原因是在内镜下进行，术中切口小，切除的鼻中隔的软骨和骨部较少，组织损伤较轻，且术中大部分仅是分离鼻中隔左侧的黏膜，不分离鼻中隔右侧的黏膜，只需矫正张力带。此外鼻中隔术后缝合鼻中隔，不进行鼻腔填塞，可减少凡士林纱条填塞引起的疼痛、闷胀感，甚至头疼等一系列痛苦的反应。