霉菌性阴道炎和滴虫性阴道炎主要的区别是二者的病原体不同，因此导致临床症状和治疗不同。霉菌性阴道炎是真菌感染，主要是假丝酵母菌所导致，表现为豆腐渣样或者凝乳状白带，外阴及阴道瘙痒，患者需抗真菌栓剂治疗。滴虫性阴道炎是阴道毛滴虫感染所导致，表现为草绿色、泡沫样白带，外阴瘙痒和疼痛，以疼痛为主，患者及性伴侣均需口服甲硝唑片治疗。