脑干肿瘤的发病原因多种多样，多数不明确，与肿瘤类型相关。胶质瘤、海绵状血管瘤、血管母细胞瘤为常见的多发肿瘤。脑干胶质瘤，以儿童较多发，多与基因突变相关，成年患者多与免疫相关；海绵状血管瘤为非真性肿瘤，是一种特殊的血管畸形，多与先天因素相关；血管母细胞瘤或血网，病因不明确，可能与基因突变相关；转移瘤为其他部位肿瘤转移至颅内，有原发灶。