非结核分枝杆菌病患者全身中毒症状比较轻微，起病比较缓慢，所以相对比结核病中毒症状轻，经过正规治疗以后病情能够得到控制。
非结核分枝杆菌肺病常继发于结构性肺病，像支气管扩张、肺囊肿，经过治疗以后患者能够治愈，但是如果合并有基础疾病，像支气管扩张、先天性肺囊肿，经过抗非结核分枝杆菌病治疗以后，基础疾病不能控制，需要进行综合治疗。
总体而言，非结核分枝杆菌病患者的预后比较好，因为全身中毒症状比较轻微，起病比较缓慢，而且相对人与人之间目前没有传染，所以对于家人的危害比较小。患者在患病后需要及时治疗，如果不及时治疗，可能会出现全身加重和全身播散，等到病情加重的时候治疗效果较差。
