心脏瓣膜病的病因较多，最常见的风湿性心脏瓣膜病是由于患者对链球菌的清除能力导致机体内产生抗体，并与心脏瓣膜间进行相互作用，为一种炎性改变。除此之外，瓣膜劳损退行性病变及心肌缺血皆易引起瓣膜病。若患者感染后，亦可影响心内膜，使机体患感染性心内膜炎。由于感染的细菌附着在瓣膜上，破坏了其正常结构，亦可导致心脏瓣膜病。另外，自身免疫性疾病、创伤性疾病皆可引起心脏瓣膜病。