自身免疫性肝病根据其不同的类型，则治疗方式不同。自身免疫性肝炎患者，如转氨酶升高十倍以上，或转氨酶升高五倍、IgG升高两倍，或病理提示有桥接坏死，可使用激素配合免疫抑制剂治疗。

原发性胆汁性肝硬化患者，目前公认的治疗方案是牛磺熊去氧胆酸，可调节免疫、改善胆管损伤的程度，减少肝硬化发生的几率。