既往对胃间质瘤的认识较局限，认为胃间质瘤分为良性、恶性间质瘤两类。随着对疾病的认识，目前临床认为胃间质瘤是具有恶性潜能的一类病变，具有不同的危险程度，肿瘤较小时出现转移或治疗后复发的风险较低，认为其性质偏向于良性肿瘤。但肿瘤生长到一定程度，超过2-5公分，显微镜下可见细胞生长活跃，恶性程度较高，预示肿瘤易出现转移、复发。