内镜以及超声内镜、CT检查，明确诊断为间质瘤的患者，通常建议进行外科手术治疗。多数患者不会通过淋巴结转移，手术切除范围距肿瘤边缘2cm以上即可，肿瘤生长部位特殊者，如肿瘤靠近贲门者需切除近半侧胃；靠近幽门者需切除远半侧胃；其他部位肿瘤仅做胃局部切除即可。合并周围器官侵犯，如脾脏、肝脏侵犯，需联合进行脏器切除，包括脾切除、部分肝脏切除。