肠镜的检查在许多医院是在消化内科进行的。部分医院也有在外科、普外科或者肛肠外科进行。无论在国内、国外消化内科都是最常做肠镜的科室。如果患者需要做肠镜，应在听取相应专科医生意见后，医生会根据肠镜的适应症，判断患者是否需要做肠镜。如患者需要进行肠镜检查，那么肠镜的准备工作是较繁琐的，患者应在医生的指导下做肠道准备，这一点至关重要。