超声引导下胃肠道病变穿刺活检会增加胃肠道出血和穿孔的风险，患者进行活检之前需要麻醉，所以也会增加麻醉的风险。胃肠道的黏膜病变可以通过内镜活检明确性质，但是对于腔外病变、腹腔内占位性病变等需要先做CT、超声内镜先明确病变大致情况，医生初步做出印象诊断之后再进行穿刺活检来明确病理性质，如判断病变的良恶性。