脑干损伤有两种，即原发性的脑干损伤和继发性脑干损伤。原发性脑干损伤即患者创伤的过程直接损伤到脑干。继发性脑干损伤，大部分是由于损伤其他部分损伤影响到脑干，叫继发性颅脑损伤。继发性颅脑损伤的处理上，主要还是积极处理原发问题，包括保护神经功能。另外，全身治疗加上后期的康复治疗，其过程较为复杂，治疗时间也比较长，包括后期高压氧治疗，前期神经营养、气管切开、肺部感染等治疗。

后期的康复训练、高氧治疗的治疗周期相对比较长，因此比较凶险。脑干损伤在上世纪90年代的死亡率较高，大概在了50％-60％。随着医疗科学技术的发展，脑干损伤后若能够保持患者的呼吸道通畅，并且及时送医，部分患者在治疗后能够得到好结局。