肛瘘临床分为四类，包括低位肛瘘、高位肛瘘、简单肛瘘、复杂肛瘘，结合后包括低位单纯肛瘘、低位复杂肛瘘、高位单纯肛瘘、高位复杂肛瘘。通常肛瘘穿过外括约肌的深部平面以上称为高位肛瘘，如果在外括约肌深部平面以下是低位肛瘘。

肛瘘内口通常在齿状线位置，齿状线是肛管和直肠黏膜相结合处的一条锯齿状线，存在多种结构组成，包括肛柱、肛隐窝、肛门瓣。低位肛瘘通常只有一个外口，所处位置在外括约肌深部以下，对应内口一般在对应齿状线加深的肛隐窝处。