巧克力囊肿可影响怀孕。巧克力囊肿属于子宫内膜异位症，为临床常见疾病，主要由于子宫内膜异位至卵巢，逐渐形成囊肿引起。子宫内膜异位至卵巢时，每月也可脱落，但长此以往，囊肿内形成巧克力液状黏稠液体，因此临床上称为巧克力囊肿。子宫内膜异位症对怀孕具有全方位影响，可影响卵母细胞质量、输卵管蠕动、输卵管质地、改变输卵管性状，还可能影响盆腔内外环境。卵巢巧克力囊肿可破坏卵巢组织，影响卵巢功能，进而影响怀孕，因此建议子宫内膜异位症患者尽早受孕。