大部分肛瘘由细菌感染引起，多有直肠肛管周围脓肿，免疫力正常情况下不会发生感染，当劳累、抵抗力下降时，细菌可进入到肛门内外括约肌的间隙内引发感染，进一步扩散到肛门周围，形成肛门周围的脓肿。脓肿表面的皮肤破溃或者脓肿切开引流后，脓液通过破口流到肛门外，脓液流出后脓腔逐渐缩小，形成橄榄形的管道即为肛瘘，单纯性肛瘘可发展为复杂性肛瘘。