目前来说自闭症病因不是十分明了。大多数学者和专家认为可能和以下几种因素有关：

1、与遗传因素有关，最有名的就是对双生子，即双胞胎的研究，如果是单卵双生子，他们的同病率，即两个胎儿同时患自闭症的概率可以达到82%，如果是双卵双生子，也就是两个双胞胎性别不一样或者长相差的很多，同病率可以达到10%，所以现在认为自闭症和遗传有很大的关系；

2、与围产期的高危因素有关，比如在围产期，就是怀孕或出生的时候有感染，比如巨细胞病毒或者弓形体感染，或者存在早产的因素，这些孩子发生自闭症的几率会增高；

3、与神经系统的发育有关，比如进行功能性磁共振检查，可发现自闭症孩子的大脑某些功能区发育的不是很好，比如额区、颞区，或者杏仁核，海马回等大脑的边缘系统，即与人类情绪有关的区域发育有异常。

有的家长可能会问，怀孕的时候是不是能够查出胎儿将来会不会得自闭症，答案是否定的。目前在怀孕期间，可以检查染色体或者基因，但是自闭症没有特定的基因，只是有的学者研究发现自闭症可能有遗传的高风险，比如存在某些基因，将来可能有高风险会出现自闭症，但是不像平常大家了解的那样有明确的基因，比如唐宝宝，唐宝宝的第21对染色体多出了一条，称为21-三体综合征，自闭症目前还没有发现特定的与之相关的基因。