肛瘘的常见症状主要是间断性肛周肿痛及破溃流脓。间断性肛周肿痛，是由于肛瘘外口引流不畅或者暂时封闭以后，瘘道内存在感染，导致局部肿痛。当肿痛到达一定程度后，就会出现外口破裂，继而使脓液引流，患者的症状逐渐减轻。由于没有完全解决肛瘘的内口和窦道，所以患者会经常出现局部肿痛及破溃流脓。由于经常发作，有时候会出现外口引流不畅，这时候局部感染以后可能向周围蔓延，可能会形成多条瘘管，为治疗增加难度，对于将来术后的恢复也需要更长时间。