沙眼现在临床上很少见，但是临床上可见到患过沙眼的中老年人出现的并发症。最常见的并发症为上睑的瘢痕，可导致眼睑内翻，即倒睫。此外还有泪道阻塞，以及下睑的睑部畸形；整个结膜的干燥化、形成干眼。甚至少部分较严重的病人，还可形成角膜白斑，还有角膜上缘的血管翳。对于沙眼病情控制不当引起的并发症，临床治疗较为棘手。