下肢球囊扩张术的弊端为术后可再次发生狭窄。目前针对此类弊端研发出药物涂层球囊，药物涂层球囊表面存在药物，可较大程度抑制血管内膜再生，即尽量维持血管通畅，并延缓血管再次发生狭窄。

此外，若选择的球囊过大，可造成血管内膜损伤、夹层，甚至造成血管破裂出血等严重后果，通常情况下应尽量选择适合于患者血管直径的球囊进行治疗。