尖锐湿疣的好发部位是性行为接触的部位，主要在生殖器和肛门周围皮肤黏膜，具体来说男性的好发部位是龟头、冠状沟、阴茎、包皮、尿道口以及阴囊等部位，女性的好发部位是大小阴唇、阴道、阴道口、宫颈、会阴、尿道口和腹股沟等部位。同性恋群体的尖锐湿疣好发于肛门及直肠。尖锐湿疣还有一些少发的部位，例如乳房、腋窝、脐窝、口腔等。