十二指肠镜是诊断和治疗胆道、胰腺疾病的重要手段。目前，胆道结石、胆道肿瘤、胆道狭窄、胆道蛔虫以及胰腺疾病，如急性胆源性胰腺炎、胰腺囊肿、胰腺肿瘤，均需做十二指肠镜。

一般可通过十二指肠镜行乳头的切开、胆道结石的取出、胆道狭窄的支架植入、胰腺肿瘤的支架植入、胰腺、胰管狭窄的支架植入。还有随着医学的发展，还可以通过十二指肠镜再植入胆道子母镜，对胆道做进一步的观察以及在子母镜下行钬激光碎石、液电碎石等。