新生儿食道闭锁手术以后短期之内并发症主要是肺炎，所以在临床上要求护理、医生进行手术后呼吸道管理很关键，特别是手术以后呼吸道分泌物增多，经过手术、麻醉创伤，呼吸道分泌物会增多，又加上术前有吸入性肺炎存在，呼吸道分泌物会很多，所以要求护理人员在短期之内只要发现孩子口腔内或者呼吸道内有痰，要及时清除痰液，短期之内最重要并发症是肺炎的表现。中远期食道闭锁并发症包括：
1、吻合口瘘，就是食道吻合地方出现瘘，不能进食，这样的孩子可能是需要面临二次手术风险；
2、更远期会出现食道狭窄，因为疤痕愈合，周围组织增生，导致吻合口狭窄，手术以后都有相对应处理方式，比如食道扩张，从而把食道扩张到正常口径，不至于引起孩子进食以后导致呕吐。
