真菌感染引起的疾病称为真菌病。根据病变部位不同，将真菌感染性疾病分为浅表真菌感染、皮肤真菌感染、皮下真菌感染、系统性真菌感染。随着大剂量免疫抑制剂、化疗药物、广谱抗生素的滥用，使免疫抑制的患者逐渐增多，真菌感染的患者病死率在全球呈上升趋势。临床上常用的真菌感染的诊断方法主要是直接涂片法，真菌培养法、病理学组织学检查等。真菌涂片检查是真菌检测首选步骤，其优点在于简便、快速，在无菌部位的阳性结果可直接确诊为真菌感染。例如宫颈液基细胞学检查的涂片中，可以看到大量的菌丝和孢子，可确定真菌感染。如果在某些标本如粪便、痰液，存在少许的真菌是正常的，此时应该考虑真菌的数量和临床症状，综合考虑后再确定是否为真菌感染。
