三代试管婴儿技术可以进行性别选择。但是我国目前的政策在没有医学指征的前提下，不允许进行性别选择。所以现在的三代试管婴儿技术目的不是进行性别选择，是要筛选掉致病基因，阻断致病基因随子传递。

有些特殊患者，比如Y染色体微缺失，因为生男孩，其子代会发病，所以这类患者会建议进行性别筛选，选择生女孩。现在国家已放开二胎，从自然生育、自然妊娠的角度来说，男女之间的比例基本上趋于平衡，所以要借助三代试管婴儿技术进行性别选择，基本上没有必要。