室间隔缺损手术在先心病外科手术治疗当中，属于比较常见的基础手术。但是，因为在室缺的修补过程中，要有心脏停跳的过程。所以与体外循环相关的风险还是存在的。并不是疾病的诊断归类为简单的先心病，手术过程就非常的简单，手术风险就非常小，这是错误概念。无论是进行哪种心内畸形的纠治，只要需要在直视下对心脏内部结构进行修理，首先建立体外循环、心脏停跳。所以，体外循环相关风险是同样巨大的。另外，在室间隔缺损修补过程中，对邻近的组织有损伤的风险。膜周室缺，非常重要的结构就是心脏里面的传导束，是负责从心房的顶端向心室的方向进行电信号的传导，调控心房、心室跳动的顺序。当膜周缺损后下缘在修补过程当中损伤到传导束，有可能造成完全性房室传导阻滞。有部分病人要安置终身使用起搏器，对于肺动脉瓣下的室缺，因为邻近主动脉瓣，所以在修补过程当中也有主动脉瓣损伤，造成主动脉瓣反流的风险。
