内分泌性高血压是一种继发疾病，所以治疗也分为两个方面，一是对症治疗，即针对高血压的一般治疗，和原发性高血压大同小异，可使用一般的降压药物治疗。另一种最主要是针对原发病的治疗，具体如下：
1、原发性醛固酮增多症导致的内分泌性高血压，需按照原醛症的分型决定治疗方式，如果是特醛症引起的高血压，可使用醛固酮受体拮抗剂，比如安体舒通、依普利酮等药物控制血压，但是需要长期服药、长期监测血钾浓度，及警惕药物副作用的发生。如果原醛症患者有手术指征，比如醛固酮瘤的患者可以采用手术的方式治疗，避免长期服药带来的负担，同时血压也会得到相应缓解或者治愈；
2、嗜铬细胞瘤导致的内分泌性高血压，首选手术切除。因其多为良性肿瘤，绝大多数术后效果良好。但是嗜铬细胞瘤的患者在手术和麻醉时危险性比较大，尤其是大的肿瘤因为富含血管，周边又紧贴着大血管容易出血，而且肿瘤含大量的儿茶酚胺，容易被挤压释放入血，引起患者血压剧升和心脏骤停，嗜铬细胞瘤患者在手术前一定要做好充分的术前准备，比如使用酚苄明等药物控制，使血压平稳；
3、库欣综合征导致的内分泌性高血压，不论是垂体性还是肾上腺性，只要有手术指征都首选手术治疗。不能手术的只能采取药物治疗，可以使用作用于下丘脑-垂体神经递质的药物，减少糖皮质激素的分泌，比如赛庚啶、溴隐亭、奥曲肽等。
总的来说，内分泌性高血压是一种继发疾病，治疗的关键在于对其原发病因的控制。