慢性肾功能衰竭的治疗分为早期、中期和晚期治疗，在早期和中期治疗上，主要治疗原则是保护残存的肾功能，延缓肾脏病进一步恶化，防止并发症发生。在保护残存的肾功能上，寻找原发性病因，比如有些病人由高血压引起，就积极地控制血压；有些病人是糖尿病肾病引起，要控制血糖；有些病人是肾结石引起，要解除结石；还有些病人是长期服用某些对肾脏有毒性的中草药，则要停止服用。在这些病人当中可以出现相应并发症，如贫血，就要针对贫血进行治疗，比如补充铁剂、补充促红细胞生成素；有些病人可以出现钙磷代谢紊乱或出现高钾，都要针对性给予相应治疗。如果病人在进行这些治疗之后，肾功能仍然逐渐恶化，甚至达到晚期即尿毒症期，就要进行肾脏替代治疗，比如血液透析或者腹膜透析，还有些病人要进行肾脏移植治疗。