卵巢囊肿在女性患者中是常见的卵巢肿瘤，手术时间会根据不同的患者、不同肿物性质做综合判断，通常手术时间在2-4小时之间。良性卵巢囊肿90%以上都是良性肿物。如果是没有绝经的女性，通常都是做卵巢囊肿剥除术，将卵巢肿物剥除。为保留卵巢功能，还会把剩余的卵巢缝合，所以手术通常在2-3小时内完成。有时肿物会较大，剥除时间会较长。卵巢肿物之后要进行止血和缝合，通常在2-3小时之内就可解决。

有时在术中会发现，其虽然是囊性肿瘤，但是囊壁有些异常凸起或者有实性部分，还要送冰冻。这时手术时间会延长，冰冻检查在术中至少需要30-40分钟。如果冰冻报出是交界性肿物，甚至是恶性肿物，手术时间要延长至少1-2小时，要切除的范围会更大。绝经后女性如果发现卵巢囊肿，而且囊肿还在持续增长，这时建议切除卵巢肿物。多数选择直接切除卵巢，包括输卵管和卵巢都要切除，时间会短于卵巢肿物剥除手术。所以绝经后女性，如果是良性卵巢的囊肿，其手术时间通常在2小时左右。