胆道镜的痛苦相对比较小，因为胆道镜大部分情况是在手术中应用，而手术一般采用全麻，在整个检查治疗的过程中，病人没有感觉。但是部分病人术中结石取不净，或者病情比较复杂的，要放T型管，通过T管取残余结石。术后做胆道镜操作时间较短，比全麻中的操作更痛苦一点。总体而言，一般情况下，胆道镜痛苦相对较小，术中操作中没有痛苦，术后的胆道镜操作因为操作时间比较短，一般病人都可以耐受手术。