随着胆道镜技术的广泛应用，并发症发生的概率越来越小。其并发症有以下几方面：
1、损伤：胆道镜要通过上次手术预留的窦道进去，这个窦道的完整性是预防胆道镜术后胆瘘的很重要的关键因素；
2、胆瘘：做胆道镜如果损伤这个窦道，造成窦道破裂可以引起胆瘘；
3、感染：胆道镜做胆道探查时，如果胆道有感染，进行这个操作可能加重胆道感染；
4、出血：窦道是肉芽组织，有丰富的毛细血管，在胆道镜过程中可以引起渗血，肝内感染、胆管感染也可以引起出血。
它主要的并发症就是损伤、感染、出血、胆瘘。做完胆道镜手术后，会在窦道里留一个引流管，引流管的护理是关键。它有可能会有损伤，会有出血、胆瘘，这个是可以通过管道进行观察。这个管道的妥善固定和护理非常重要。病人手术下来以后适当休息，提倡病人进低盐、低脂、优质蛋白、高纤维素膳食，应少量多餐。因为饮食会促进胆汁分泌，如果术后马上大量暴饮暴食，胆汁大量分泌，会造成局部疼痛、腹胀甚至感染，所以说饮食应慢慢过渡。再一个就是健康教育，术后病人如果没有什么特殊的不舒服，复查胆总管下端通畅、没有残余结石的情况下，术后2-3天就可以拔掉引流管。