细菌性角膜炎病程跟感染的菌种有很大关系。如常见的表皮葡萄球菌，这些细菌的侵袭力比较弱的菌种感染以后，以通过局部的频点抗生素眼药水，可能1-2个星期溃疡会得到控制。如果是绿脓杆菌之类侵袭力非常强的细菌，这种细菌一旦感染以后，角膜会出现快速的溶解而且药物治疗很难奏效，那这种情况下为了保住眼球，需要紧急进行角膜移植手术，对感染的病灶进行彻底的清除。通过角膜移植手术病灶会得到及时的切除，细菌也会完全的被去掉，感染会得到控制。