衣原体肺炎是指衣原体引起的肺部感染。衣原体引起的肺部感染称为非典型肺炎，其不是典型病原体。因为衣原体是一类特殊细胞内感染病原体，和通常细菌和病毒有差异，和支原体感染、支原体肺炎非常类似。从临床表现和影像学上几乎没办法将两者区分开，主要通过实验室检测，即微生物培养和血清抗原抗体检测进行区分。其治疗方法在药物上基本一致，主要通过喹诺酮类和大环内酯类药物治疗。需要注意的是在中国目前流行病学调查中，衣原体对常用大环内酯类药物，即阿奇霉素耐药率非常高，已经不作为成人治疗首选用药，但儿童因为用药受到其他限制，还是常用药物。