胆管结石的最佳治疗方案首选手术治疗，根据胆管结石所在部位不同，手术方案略有不同。肝外型的胆管结石，在胆总管、肝总管或者一级、二级胆管的胆管结石，需要胆总管切开取石甚至用胆道镜辅助取石，这个技术就基本上可以清除胆管所有结石。

结石不是长在肝外，长在肝内，有些胆管结石长在胆管的末梢，通过胆总管切开、胆道镜很难把石头取干净，如果石头局限在某一段或者某一叶，手术方案是部分肝段或者肝叶的切除，达到根治胆管结石的作用。