支原体肺炎咳嗽不好主要是以下几个原因：

1、支原体感染后在呼吸道长期寄存，支原体黏附于上皮细胞后，既从宿主吸取自身需要的营养物质，又能逃避黏膜纤毛的清除和吞噬细胞的吞噬，还可以产生多种有毒物质，比如过氧化氢、过氧化物阴离子、毒素，造成上皮细胞损伤，使细胞发生肿胀、坏死、脱落，纤毛运动减弱甚至停止，最终导致细胞破坏。导致细胞上皮损伤，引起气道高反应；

2、支原体感染后还可以释放炎性介质，炎性介质可以导致咳嗽的迁延不愈，气道有高反应，有的孩子会出现喘息，所以支原体肺炎感染之后可以诱发慢性咳嗽，甚至有的孩子可能会诱发哮喘；

3、支原体除了直接的损伤之外，还可以导致免疫功能的紊乱，所以导致气道高反应，引起机体细胞体液免疫功能紊乱，所以会诱发慢性咳嗽，时间比较长。