胸腺恶性肿瘤的发病机制目前尚不清楚。胸腺内的细胞成分主要包括上皮细胞和淋巴细胞，像人体其它器官一样，上皮细胞都有恶变成肿瘤细胞的可能。有学者认为患者既往有放射治疗和EB病毒感染病史，可能与胸腺肿瘤有关，具体病因主要有以下几点：

1、患者接触危险的致癌因素，如辐射、化学致癌物质等因素，有可能诱发胸腺肿瘤；

2、该病的发病与遗传有很大的关系，有高危家族遗传史的患者很有可能患胸腺肿瘤；

3、病毒感染在胸腺肿瘤的发生机制中也可能扮演着重要角色。