桥本甲状腺炎已经被认为是一种自身免疫性疾病，又称为自身免疫性甲状腺炎。由于饮食、工作节奏加快、工作压力增加等原因，造成本病发病率逐渐增加。近年研究认为，本病的发病机理很可能与自身免疫疾患及遗传缺陷有关。目前已发现血清中有抗甲状腺球蛋白抗体、甲状腺微粒体抗体、T3、T4、促甲状腺激素受体抗体等，其中某些参与甲状腺腺泡的破坏与致病。现在进一步阐明细胞介导免疫参与本病，激活的K细胞可以发挥其细胞毒性作用，造成永久性自身甲状腺细胞的破坏。此外，遗传倾向及免疫监护功能缺陷，也可能是发生自身免疫反应的基础。