临床建议真菌性角膜炎应根据病情轻重程度、累及角膜病变的深度合理选择治疗方案。如果患者角膜病灶深度较表浅，建议通过抗真菌药物进行治疗。

如果角膜病变累及深度较深，已远超1/3角膜厚度，建议患者在药物治疗的同时选择必要的手术方式进行治疗，如角膜病灶切除术、结膜瓣遮盖术。若患者角膜病变深度已经累及达1/2以上，甚至累及全层，建议进行角膜移植手术治疗。