大多数自身免疫性脑炎治疗可以痊愈，如常见的抗NMDAR受体脑炎。女性如果发生脑炎，采取一些其它免疫治疗，即保守治疗若效果不好，可能检查时会发现女性患者有畸胎瘤，发现畸胎瘤后进行手术治疗，一般患者预后不错，所以不要过分担忧。

对于部分难治的、顽固的脑炎，需要认真遵循医嘱治疗，避免反复或者预后不好的情况。