功能性障碍性子宫出血的主要原因是排卵障碍，或不排卵、无排卵性的宫血。正常女性规律的月经周期，是卵巢规律、周期性的在每个月经周期，都有一个卵泡发育、排卵。由于优势卵泡的生长和排卵，导致体内有规律的雌激素和孕激素作用，雌激素和孕激素规律、周期的作用到子宫内膜，表现为规律的子宫内膜剥脱，也就是月经。当卵巢受各种原因的影响，出现排卵障碍，甚至不排卵后，体内的雌孕激素水平会处于紊乱的状态。
不排卵或排卵障碍的女性，体内的雌孕激素水平较紊乱，没有周期性变化，子宫内膜会单一的受雌激素作用，而没有孕激素作用。所以子宫内膜处于长期增殖的状态，而不能在孕激素的作用下，转化为分泌期状态。所以时间长了，会表现为功能障碍性子宫出血。如果做子宫内膜病理，子宫内膜会处于增殖紊乱的状态，既增殖又分泌，所以功能性障碍性子宫出血的主要原因是排卵异常或不排卵。
