病毒性脑炎头痛、头晕可以恢复，也有可能无法恢复，主要依据病毒性脑炎对脑实质损伤是否严重，有无脑软化。如果没有脑袋软化灶一般可以恢复，对症治疗以后恢复速度较快。如果存在脑软化灶，病灶可以长期存在，甚至终身存在，相对应头痛、头晕较难恢复。

病毒性脑炎诊断可能存在疑问，如果头颅磁共振正常，病毒性脑炎后头痛、头晕总是反复，需要重新考虑头痛、头晕到底是否真由病毒性脑炎引起。