患者出现细菌性扁桃体炎，可选择对链球菌、革兰氏阳性菌较敏感的药物，包括青霉素类如阿莫西林，以及头孢类药物。如果患者出现上呼吸道感染，合并有急性扁桃体炎，可用青霉素类、头孢类药物控制症状。
如果患者对青霉素过敏，建议进行头孢皮试，如果头孢皮试阴性，可口服或者静脉点滴治疗。如果患者对头孢也过敏，则可口服克拉霉素或者阿奇霉素进行治疗。如果患者症状比较重，可静脉点滴林可霉素进行治疗，也可较好地控制细菌性扁桃体炎的症状。患者除抗生素治疗外，也可进行雾化吸入治疗，将药物喷洒在咽喉部黏膜，起到局部抗炎消肿、止疼效果。
