肛门疼痛是肛肠科常见症状之一，可由多种疾病引起，常见的包括肛裂、痔疮肿痛、肛门部外伤、肛周脓肿及肛门、肛管、直肠部位肿瘤、感染等，可引起剧烈或轻微肛门疼痛。还有一些非器质性的病变，比如神经痛，在临床检查时并无任何症状，但患者会觉得肛门部明显的疼痛。由于疼痛的性质、原因不同，处理也不同。
对于急性感染引起的疼痛，只需治疗急性感染即可，肛门疼痛即可随之消失，比如肛周脓肿、肛裂或者炎性血栓性外痔引起的肛门部疼痛。镇痛药等方法治疗常无效或暂时有效，长期会造成疾病的延误，患者需积极治疗原发病。而对于某些神经性疼痛及原因不明确的疼痛，需要进一步查找原因。肿瘤或者某些隐匿感染引起的肛门疼痛，处理起来相对较麻烦，需要及时就诊。