胃食管反流微创手术相当于功能修复性手术，并无严格意义上的后遗症，但任何手术均存在一定风险。腹腔镜下或者机器人抗反流手术属于功能性手术，并不破坏或切除器官，但手术修补时可能出现常规的出血、神经损伤，甚至手术做折叠时，折叠过紧会导致无法下咽。因此需到大的医院做手术，才能够保证手术的质量。
胃食管反流微创手术最常见的并发症为吞咽困难。因此，术前需做详细评估，术中可放置食道探条放到口腔内，然后再做折叠，防止折叠狭窄。如果不放探条可能增加吞咽困难的风险，但也有文献报道提及无论放置探条与否，风险均相同。但普遍认为应放探条防止相关并发症，折叠完后再取出探条即可。此外，患者可能排气增多，主要由于习惯吞咽大量空气，术后食道变紧，不容易打嗝上去导致。总体而言，胃食管反流微创手术属于安全的功能修复性手术。
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