目前常用的抗甲亢药为硫脲类药，临床选用的顺序常常是甲巯咪唑，也叫他巴唑，简称MMI，丙基硫氧嘧啶也叫PTU，卡比马唑也叫甲亢平和甲基硫氧嘧啶。PTU和甲基硫氧嘧啶的药效比其他药要小10倍，使用的时候剂量应该要增大10倍，不同地区、不同医生之间根据习惯和经验有不同的选择。美国医生喜欢用PTU，但是欧洲首选他巴唑，我国选用PTU和他巴唑的都不少。选用PTU是因为它可以减少循环中的甲状腺素俗称T4，转化为三碘甲状腺素原氨酸俗称T3，作为孕妇使用更为安全。但是选用他巴唑这个药副作用小些，对甲状腺激素的合成具有较长时间的抑制作用，有经验显示这个药每天用药一次就可，所以病人依从性相对较好。其它还有一些辅助的药物如β受体阻滞剂，常用是普萘洛尔，也叫心得安，主要用于心率过快的病人。碘剂主要是在甲亢的术前准备以及甲亢危象的抢救时使用。
